Au bénéfice d’un diplôme d’ingénieur en informatique de l’EPFL en 1988, Jean-Marc Seydoux débute sa carrière professionnelle la même année en tant qu’ingénieur de développement au sein de l’Ecole Suisse d’Ingénieurs de l’Industrie Graphique (esig+).
En 1992, il co-fonde IWARE SA, à Morges, une entreprise de conseil et développement informatique dans le domaine de l’industrie graphique. En parallèle, il est engagé au sein de l’EINEV (Ecole d’ingénieurs de l’Etat de Vaud), qui deviendra ensuite la HEIG-VD, comme chargé de cours en informatique et expert pour des travaux de diplôme.
En 2006, il rejoint la HEIG-VD à 100% d’abord en qualité d’enseignant dans les branches techniques et de chercheur avant d’être promu, en 2012, Doyen et Chef du département COMEM+.
En 2022, il reprend également la responsabilité de la filière Ingénierie des médias, puis celle de Directeur général adjoint en janvier 2024.